在《命令与征服》的世界里，你不能像在CS或雷神那样，拿着最强大的武器就能横行无忌。你必须了解游戏中的兵种克制关系，士兵能对付坦克、飞机、士兵，坦克能对付坦克、装甲车，装甲车能对付士兵……这是一场需要智慧和策略的战争。即使在单人任务中，你的特种兵虽然可以携带多种武器，但你也要根据不同的敌人选择合适的武器，还要灵活地切换视角（“F”），寻找敌人的踪迹和前进的路径。
第一关：天蝎猎人
主要任务：支援遭到NOD偷袭的GDI侦察小队，协助“离子大炮”定位
要领：初出茅庐，学会驾驶车辆
故事开始，GDI侦察部队遭到NOD的突然袭击，你作为援军，带着两个工程师赶往前线。下了飞机，你和大部队汇合，一起消灭四面八方涌来的NOD士兵，期间还要阻止NOD运输直升机的两次增援，在中远距离干掉NOD火焰喷射兵。击退NOD后，工程师开始修复“中型坦克”，你按“E”上车，冲破路障，穿过山谷，和后续部队一起摧毁“NOD采矿车”。然后右转，向NOD基地发起进攻，注意不要冲在最前面。NOD基地里的“光明石碑”在摧毁你方先头车辆后，一架“奥卡直升机”会不顾一切地撞向“光明石碑”。你率领部队摧毁“防空导弹”后，“A-10攻击机”和“离子大炮”会轰炸整个基地。
剧情：你的英雄“哈洛克”站在“长毛象坦克”前，俯视着战场的残骸；接着画面转移到海岸边，“哈洛克”在没有得到“洛奇将军”的许可下，私自闯入战场，支援海防部队。
第二关：救援及惩罚
主要任务：支援遭到NOD偷袭的海防部队，解救人质
要领：运用车辆，注意使用狙击武器
你一开始就在沙滩上，随后“登陆艇”和“奥卡直升机”呼啸着冲向战场，场面十分震撼。你从眼前的“登陆艇”上爬上去（用E），干掉守卫的士兵，用“C-4”炸开卡车，拿到大量补给。在基地后方，有几个GDI步兵在等你，跟着他们穿过山谷，清理沿途的NOD步兵，然后进入一个空地，在一间木屋里联系上级，他们会给你一个离子炮定位装置，在木屋附近的矿洞里还有一张磁碟。你进入另一侧的山谷，发现大批NOD“轻型坦克”；不过不用担心，很快“A-10攻击机”就会把它们全部炸掉。你右转冲进农场，消灭所有NOD士兵，炸掉两座“防御炮塔”，在海滩边得到上级送来的“中型坦克”，驾驶坦克回到农场，从农场的隧道进去，碾压挡路的敌军，冲进一个空地，炸毁NOD“轻型坦克”和“机枪炮台”。在空地另一端的桥上下车，在桥上有一张绿色的保全磁卡，一定要拿到，然后向前解救教堂里的平民。你右转看到“NOD之手”，消灭守卫，把“C-4”放在建筑内的终端前，炸毁整个建筑。按照地图的指示向北，你会发现“NOD雷达站”和关押平民的监狱，从雷达站进去，消灭里面所有的NOD士兵，打开监狱的前门。
剧情：GDI正在研究“泰伯利亚矿石”的科学家“莫比阿斯”教授父女和“派特娃”教授被NOD绑架了，而对方的高层除了NOD高级军官“曼达札”和“瑞夫索”外，还有一个曾经和你在“死亡6组”一起训练过的女特种兵“樱花”。
第三关：攻击装甲
主要任务：从NOD基地的后方潜入，寻找“莫比阿斯”教授父女和“派特娃”教授
要领：有大量车辆供你使用，要善加利用