洛克人 Zero (1)
在异常者机械战争结束后，X实现了他的理想，建立了一个人类和思考型机器人和谐共生的乌托邦，名为“新·阿卡迪亚” (Neo Arcadia；Arcadia：世外桃源) 。然而，这个国度的缔造者X却在某一天突然消失无踪。
新·阿卡迪亚的领导层为了避免X的失踪引发社会动荡，命令年轻的天才科学家雪儿博士利用X的DNA制造出一个X的复制品——Copy-X。由于当时新·阿卡迪亚面临能源危机，Copy-X为了保障人类的利益，决定牺牲那些没有贡献的机器人，这一举动被视为暴行。
雪儿博士发现了Copy-X的残忍行径，不忍心看到无辜的机器人被杀害，于是带领了一批即将被处决的思考型机器人逃出新·阿卡迪亚，组织了一个“反抗军”(Resistance) 。她明白单凭反抗是无法改变现状的，于是她想起了一个传说中的英雄：一百年前的红色非正规机械猎人——Zero。
雪儿博士找到了被封印在地下研究所的Zero，解除了他的封印。由于当时她正被新·阿卡迪亚的追兵围攻，失忆的Zero答应了帮助雪儿的请求，与她一起逃离。在途中，他遇到了一个给他回复了光束剑的神秘精灵X，他告诉Zero，他必须打败由X的DNA制造出的四位强大的机器人——四天王，才能进入新·阿卡迪亚的核心，找到真相。
Zero经过了一番艰苦的战斗，终于闯进了新·阿卡迪亚的神殿，面对了Copy-X。Copy-X自称是X的继承者，认为自己的行为是为了人类的幸福，而Zero是一个危险的叛徒。Zero与Copy-X展开了激烈的对决，最终，Zero打败了Copy-X，揭露了他的谎言。在Copy-X倒下之前，他的忠诚的部下隐将为了保护他，引爆了自己的身体，将Zero和Copy-X都埋在了废墟中。
洛克人 Zero 2
在新·阿卡迪亚的废墟中，反抗军救出了一个叫做艾尔皮斯 (Elpizo) 的半机器人[他原本是广播剧中提到的TK31，没有特殊身份的半机器人只有编号，没有名字]，他在逃亡过程中表现出了优秀的指挥能力，于是被任命为反抗军的新指挥官。
自从Zero在新·阿卡迪亚消失后，反抗军一直处于下风，为了扭转局势，他们筹划了一次“正义之一击作战”，目的是攻入新·阿卡迪亚，结束战争。而新·阿卡迪亚的领导层为了掩盖Copy-X的死亡，由四天王之一的赫尔比亚接管了指挥权。
Zero在沙漠中流浪了一年，经历了无数的战斗，最后在沙漠中昏倒。他被另一位四天王的贤将发现，带回了反抗军的基地。反抗军的士兵们欢迎了Zero的归来，但新指挥官艾尔皮斯却对Zero的“英雄”声望感到嫉妒，心生不满。
雪儿博士则一直致力于开发“雪儿系统”，这是一个可以利用“黑暗精灵”的能量，为新·阿卡迪亚和反抗军提供稳定的能源的系统，她希望能够通过这个系统，避免“正义之一击作战”的发生，减少战争的损失。
然而，“正义之一击作战”还是开始了，结果却是惨败。反抗军遭到了新·阿卡迪亚的猛烈反击，死伤无数。新·阿卡迪亚更是派出了一艘巨型飞舰，向反抗军的基地投下了大量的炸弹，企图一举消灭反抗军。Zero奋力阻止了飞舰的攻击，保护了基地，但他却得到了一个坏消息：艾尔皮斯失踪了，他似乎想要闯入新·阿卡迪亚的最高防御区域——“乾坤树”(Yggdrasil) 。
Zero几次追踪艾尔皮斯，发现他因为对“英雄”的嫉妒，夺走了两只“宝宝精灵” (Baby Elves) ，这是两只可以控制“黑暗精灵”的小型精灵。他想要利用“宝宝精灵”解开新·阿卡迪亚中心“乾坤树顶”上的“黑暗精灵” (Dark Elf) 的封印，获得无上的力量，成为真正的“英雄”。